インフォバイオのRNA解析

 

 

インフォバイオのRNA解析はメニューが豊富！

Illumina社 HiSeq2000、Genome Analyzer IIx(GAIIx)は、シングルリード法で、36 bp～150 bpの配列が得られます。ゲノム解析やmRNAシーケンシングの場合、リード長は長いほど、さらにはペアエンド法、メイトペア法で解析するのが有効です。発現タグ解析の場合は、リード長より取得配列数が重要な要素となります。 HiSeq2000は1レーンで約5,000万配列、GAIIxは1レーンで約2,000万配列ものデータが取得できます。当社では、以下のようなRNA解析用メニューをご用意しております。

大量に配列データが得られるシーケンサーを利用して、発現解析における様々なご要望にお応えいたします。ご興味をお持ちになられましたら、是非、ご連絡ください。

 

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RNA解析各メニューの原理

 5’末端タグプロファイリング

＜概要＞

本法は、オリゴキャッピング法と遺伝子タグのシーケンシング法に基づいてmRNAの5’末端領域を網羅的に解析します。この方法を用いることで、細胞内で発現しているmRNAの転写開始点が網羅的に明らかにされ、また、その発現量も相対比で推測することができます。

 

本法で明らかにできる点

　1)　mRNAの転写開始点

　2)　発現量の相対比

 

特に、異なる状態の細胞を比較し、それぞれの転写物の転写開始点の変化と発現量を調べるときに有効です。→　ご参考：　Tsuchihara, K. 　et al. Nucleic Acids Res.,37(7):2249-63. (2009)　（※ 外部サイトにリンクしています。新しいウィンドウが開きます。）

 

 

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3’領域タグプロファイリング(一例としてNlaIII – MmeI系)

 

 

＜概要＞

本法は、mRNAの3’末端寄りの領域の一部を網羅的に解析します。従来のSAGE法を改変した方法で、NlaⅢを用いて生成した粘着末端に MmeⅠなどの認識部位を含むアダプターをライゲーションし、その後、MmeⅠなどを作用させることで、アダプターの下流20塩基程度の DNA断片（タグ）を調製します。
　

本法で明らかにできる点

　・　転写産物の発現量の相対比

検出できるダイナミックレンジが広いので、特に発現産物を（半定量的に）調べたいときに有効です。また、配列そのものを明らかにしてからアノテーションするので、将来リファレンス情報が拡張された場合にも、配列データを再度アノテーションするだけで、最新のデータにアップデートできます（CATG配列が必要です）。

 

 

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small RNA 同定および定量化

 

＜概要＞

本法は、細胞内で発現している small RNA を網羅的に解析します。 18～30塩基程度のsmall RNA の両端にアダプターをライゲーションし、シーケンシング作業を行います。

　本法で明らかにできる点

　1)　small RNA の発現量

　2)　small RNA の同定

　3)　small RNA の新規発見

検出できるダイナミックレンジが広いので、small RNA の発現量を調べたいときに有効です。また、配列そのものを明らかにしてからアノテーションするので、将来リファレンス情報が拡張された場合にも、配列データを再度アノテーションするだけで、最新のデータにアップデートできます。さらにシーケンシングを行いますので、未知RNAも発見できます。

 

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mRNAシーケンシング(mRNA-Seq)

 

＜概要＞

本法は、細胞内で発現している mRNA を網羅的に解析し、既知、及び新規転写産物の発現を定量することが出来ます。両端にアダプターをライゲーションし、シーケンシング作業を行います。
　

本法で明らかにできる点

　1)　スプライスバリアントを同定・定量

　2)　新規アイソフォームの探索

　3)　低発現産物の同定

　4)　ゲノム配列未知の生物のmRNA de novoアセンブル

 

また small RNA の解析と同様に、配列そのものを明らかにしてからアノテーションするので、将来リファレンス情報が拡張された場合にも、配列データを再度アノテーションするだけで、最新のデータにアップデートできます。

 

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シーケンシング後の解析（計算機処理）