次世代DNAシーケンシング解析メニューラインナップ
Next generation DNA sequencing analysis menu lineup
次世代DNAシーケンシング解析メニューラインナップ
次世代シーケンシングは、従来のサンガー法とは異なり処理能力やコストの面で格段の進化を遂げ、たった一回のランで数億塩基以上も得ることが可能になりました。その結果、ゲノム配列の決定だけでなく、SNPs解析や、mRNA、small RNA解析などの発現解析、ChIPシーケンシングなど、様々なアプリケーションが確立されています。 当社では、前処理法やデータ解析をご希望に沿って行います。また解析法のご提案もいたします。次世代シーケンサーの革新的な技術を、是非当社のサービスでお試し下さい。
1. アプリケーションによる分類
| ゲノム一次構造解析 | 既知または未知のゲノムや遺伝子の配列解析 |
| デジタル機能解析 | 発現解析、タンパク質核酸相互作用解析 |
| 解析手法 | 内容 | |
| ゲ ノ ム 一 次 構 造 解 析 |
ゲノム リシーケンシング |
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| ヒトをはじめ、研究開発において基準となるような生物種はすでにゲノムの塩基配列が決定されているものが少なくありません。その既知の配列（リファレンス）と、個々の生物のゲノム配列を比較し、置換、逆位、欠失／挿入などのわずかな配列の違いを明らかにすることができます。これらを解析することで、個体間の疾患感受性や代謝を司る遺伝的差異などを見出すことが可能になり、病因の同定につながる可能性があります。また、微生物がもつ様々な特徴をゲノム配列と対応させて明確にすることができます。 | ||
| ゲノム de novo シーケンシング |
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| リファレンスとなる配列が無い生物を対象に行います。ポストゲノム解析において、無限の可能性を秘めています。 また、リファレンスがあっても、insertion配列が長く重要な場合、de novoアセンブルが有効です。 | ||
| Targeted ゲノム シーケンシング |
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| ヒトのように比較的大きいサイズのゲノムについて、PCRでの特定の領域だけを増幅したり、SureSelectやNimbleGenなどである特定の（=targeted）領域（例えば数百kb）に絞り、増幅してからシーケンシングします。これにより、多数に渡る検体におけるSNPsを解析し、疾患の感受性や原因の特定につながる可能性があります。 あるいはエクソンだけを回収してシーケンシングします。 | ||
| ホールゲノム 解析 |
特定の生物種のゲノム全体、つまりホールゲノムを対象にした解析により、新規ゲノムの解明ができます。 | |
| 新サービス！ エクソーム 解析 詳細は |
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| ヒトゲノムのエクソン領域に対するプローブを設計してエクソン特異的な読み取りを行います。本サービスにより一塩基多型，挿入／欠損などエクソンに内包された各種多型の探索から統計解析までご提供が可能です。疾患と相関する変異や，マーカーを探索することができます。 | ||
| デ ジ タ ル 機 能 解 析 |
5’末端タグ プロファイリング |
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| オリゴキャッピング法と遺伝子タグのシーケンシング法に基づいてmRNAの発現を網羅的、かつ定量的に調べることができます。 この方法により、網羅的な転写開始点の収集が行われ、新規転写開始点の同定やプロモーター解析に有効です。 | ||
| 3’領域タグ プロファイリング |
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| mRNAの3’末端寄りの領域の一部を網羅的に解析し、その配列をもとに転写産物を同定したり、遺伝子の発現量を定量する方法として有効です。 | ||
| small RNA 同定・定量化 |
様々な生物種におけるsmall RNAの包括的な同定や特徴づけを行うことが可能です。また、配列情報などが未知である新規small RNAの探索や、低発現のsmall RNA探索も可能です。 | |
| mRNA シーケンシング (mRNA-Seq) |
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| 全mRNAの探索とプロファイリングが可能です。完全長のmRNAを解析できるので、新規転写産物だけでなく、新しいアイソフォームの発見も可能になります。 | ||
| ChIP シーケンシング |
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| クロマチン免疫沈降（ChIP）と、次世代DNAシーケンシングを組み合わせることによって、転写調節因子とその他のクロマチン結合タンパク質が、どのようにDNAと相互作用して遺伝子発現を制御するのかその仕組みを明らかにできます。 | ||
| その他 発現解析 |
ホルマリン固定パラフィン包埋（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded: FFPE）サンプル、Direct mRNA、原核生物のmRNA、strand-specific mRNA seqなど色々なサンプル用の発現解析手法もご用意しております。 | |
2. 解析Yes Noチャート
YesNoチャートをご用意させていただきました。最適な解析法をご利用ください。
3. データ解析例
(1) リファレンス配列へのマッピング
(2) 配列のアライメント
(3) アセンブル
(4) 発現解析における一例
